فايفر بازي در فيلم‌هاي موفقش را بازي در چند فيلم ديگر ادامه داد و جالب آنكه فيلم‌ها و نقش‌هاي بسيار بزرگي را نيز رد كرد! در سال ۱۹۹۰ وي در بازسازي شده "خانه روسي" به بازي در كنار شون كانري پرداخت. فايفر كه سابقه يادگيري لهجه را قبلاً داشت، براي بازي در اين فيلم نسيز زبان روسي را فرا گرفت. براي اين فيلم نيز فايفر براي سومين سال پياپي نامزد گلدن گلوب شد كه اينبار نتوانست جايزه را كسب كند. در ادامه وي در سال ۱۹۹۱ در فيلم "فرانكي و جاني" همبازي بازيگر بزرگي چون آل پاچينو شد كه اين دومين همكاري اين دو پس از صورت زخمي بود. بازي دو بازيگر در فيلم كاملاً درخشان بود. اكثر منتقدين باز هم بازي فايفر را كامل خواندند. خود فايفر نيز اعلام كرد كه به اين دليل در اين نسخه بازسازي شده بازي كرده كه مردم انتظار چنين فيلمي را از وي نداشتند. بازي در اين فيلم، چهارمين نامزدي گلدن گلوب را براي فايفر - كه ديگر يكي از ستارگان زن آن روزهاي هاليوود شده بود- رقم زد.

ميشل براي بازي در فيلم "محدوده عشق" در سال ۱۹۹۲، براي سومين بار نامزد جايزه اسكار شد. همچنين براي ۵مين بار پياپي نامزد جايزه گلدن گلوب. فيلم به دليل مشكلات مالي كمپاني ساخت، براي مدتي نمايشش به تاخير افتاد و سرانجام در اواخر همان سال نمايش داده شد كه زمان خوبي براي مراسم اسكار بود. در مقاله ‌اي در نيويورك تايمز درباره اين بازي از فايفر، آمده بود كه: « فايفر بار ديگر نشان داد كه همان انداره كه زيباست، بازيگر شگفت انگيزي است». وي براي بازيش در اين فيلم، جايزه خرس نقره‌اي را از جشنواره فيلم برلين كسب كرد.

در همين سال فايفر در نقش "زن گربه اي" و در نسخه جديد سري فيلم‌هاي بتمن با نام "بازگشت بتمن" ساخته تيم برتون به ايفاي نقش در كنار مايكل كيتون پرداخت. وي براي بازي در اين فيلم، آموزش هنرهاي رزمي و كيك بوكسينگ ديد. يكي از همبازي‌هاي وي در فيلم نيز در اين باره گفته بود: «مايكل (بتمن) در اين فيلم ۴ بار از بدلكار استفاده كرد اما فايفر در تمام صحنه ‌ها خودش بازي كرد و از بدلكار استفاده نكرد». در ادامه و در سال ۱۹۹۳ در ساخته جديد مارتين اسكورسيزي كه بازسازي فيلمي قديمي تر بود به نام "عصر معصوميت"، همبازي دانيل دي-لوئيس و وينونا رايدر شد. بازي در اين فيلم، اخرين نامزدي گلدن گلوب را براي وي رقم زد تا وي ركورد ۶ سال نامزدي پياپي در گلدن گلوب را براي خود ثبت كند.

پس از بازي در "عصر معصوميت"، وي براي بار دوم همبازي جك نيكلسون شد و اينبار در فيلم گرگ در سال ۱۹۹۴. فيلم كه در ژانر ترسناك بود، با نقدهاي مثبتي رو به شد. فيلم بعدي فايفر، فيلم "ذهن‌هاي نامضروع" بود كه وي در نقش معلم دبيرستاني كه سابقاً عضو نيروي دريايي آمريكا بوده‌است بازي كرد كه فيلم در گيشه بسيار موفق بود. سپس در فيلم "از نزديك و شخصي" (۱۹۹۶) به بازي پرداخت. رابرت ردفورد ديگر بازيگر فيلم بود و فيلنامه كار بر اساس زندگي جسيكا ساويچ نوشته شد هرچند وقتي فيلم ساخته شد، كمتر ارتباطي با شخصيت ساويچ داشت كه باعث ايجاد درگيري ۸ ساله بين نويسنده رمان و كمپاني فيلمسازي شد. سپس در فيلم "جيليان در جشن تولد ۳۷ سالگيش" به بازي در جيليان پرداخت هر چند كه شخصيت اصلي فيلم نبود. وي در اين فيلم، همبازي كلير دانس شده بود. در فيلم “يك روز خوب” همبازي جرج كلوني شد و سپس در "هزار هكتار" (۱۹۹۷) و فيلم “در اعماق اقيانوس” (۱۹۹۸) به بازي پرداخت. سپس در "روياي نيمه شب تابستان" (۱۹۹۹) و در همان سال، در "داستان ما" (۱۹۹۹) به بازي پرداخت كه در "داستان ما" همبازي بروس ويليس شد.

فيلم بعدي فايفر، چه دروغي پنهان است بود كه محصول سال ۲۰۰۰ بود و وي در اين فيلم در كنار هريسون فورد به بازي پرداخت كه فيلم در گيشه كاملاً موفق بود و در ههفته اول نمايش خود، پرفروش‌ترين شد. سپس وي به بازي در فيلم من سم هستم به بازي پرداخت كه همبازي وي در اين فيلم، شون پن بود كه براي اين فيلم، نامزد اسكار شد. در سال ۲۰۰۲ در “اولندر سفيد” به بازي در كنار آليسون لوهمان و رني زلوگر پرداخت كه فيلم تحسين منتقدين را براي فايفر به همراه داشت و وي براي بازيش در اين فيلم برنده چند جايزه مختلف سينمايي شد. در مقاله‌اي در روزنامه نيويورك تايمز آمده بود كه اين بهترين اجراي ميشل فايفر در دوران سينمايي خود است. فايفر همچنين در دو انيميشن شاهزاده مصر (۱۹۹۸) و سندباد؛ افسانه هفت دريا (۲۰۰۳) به صدا پيشگي پرداخت.